Este santuario está lleno de historia, pues, según dicen la imagen del santo, traída desde España con destino a la ciudad de Pasto (Nariño), no se dejó cargar después de que sus transportadores pararon a descansar en Mariquita. Y por eso construyeron allí un santuario a su alrededor. Miles de personas le atribuyen al Señor de La Ermita todo tipo de favores y milagros.El turimos en Mariquita es en gran parte debido a La Ermita del Señor de los Milagros, la cual es reconocida internacionalmente ya que posee un de los tres Cristos de Madera de todo el Mundo.
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La Ermita del Señor de los Milagros, donde se venera al Cristo de Madera, del cual se dice estuvo presente en la Batalla de Lepanto y sólo existen otros dos en el mundo; una campana que data del año 1672; la Casa del Virrey.